La grande chiesa rinascimentale di San Giovanni Battista, con l'annesso Conservatorio, è stata una tra le vittime più illustri dei bombardamenti aerei che colpirono Pistoia nel 1943. Negli anni Cinquanta del Novecento, l'edificio fu ricostruito "a rustico" nelle sue strutture portanti, lasciando smontati i frammenti dell'originario apparato decorativo in pietra, che ancora oggi si conservano all'interno.
La chiesa faceva parte di un antico monastero fondato nel 1321 per volontà di Giovanni Ammannati che, nel suo testamento del 1287, aveva dato disposizione di erigere nel palazzo dove abitava un monastero di suore dell'Ordine di San Francesco e Santa Chiara, le Clarisse, e di intitolarlo a San Giovanni Battista. L'importanza di questo Ordine a Pistoia crebbe nel tempo, tanto che nel 1469 la badessa, suor Lisa Baldovinetti di Firenze, decise di ristrutturare tutto il complesso affidando la direzione della fabbrica al pistoiese Ventura Vitoni. I lavori iniziarono dal monastero, dove la nuova organizzazione planimetrica e i rinnovati spazi conventuali, assunsero una chiara impostazione rinascimentale, ispirata agli schemi architettonici dei conventi fiorentini.
Il 13 aprile 1500 si pose la prima pietra della chiesa di San Giovanni Battista, anch'essa realizzata su progetto di Ventura Vitoni. L'edificio, con impianto a croce latina, caratterizzato da un ampio spazio absidale e da un'imponente cupola centrale, si può considerare l'opera più matura dell'architetto pistoiese, dove sono pienamente risolti i temi architettonici sperimentati in altre fabbriche cittadine, quali le chiese di Santa Chiara, nella vicina via Puccini, e Santa Maria delle Grazie, nei pressi dell'ospedale del Ceppo. Come documentano le guide pistoiesi e alcune fotografie d'epoca, la chiesa di San Giovanni Battista era ricca di prestigiose opere d'arte: dai grandi altari in marmo, agli arredi liturgici, fino ad una serie di sedici tele con Le storie di San Giovanni Battista eseguite da pittori fiorentini e pistoiesi nel corso del Seicento, un patrimonio andato completamente distrutto durante i bombardamenti dell'ultima guerra.
Nel 1783 il vescovo di Pistoia, Scipione de' Ricci, unì al monastero di San Giovanni Battista quelli di Santa Chiara e di Santa Lucia. Due anni dopo Pietro Leopoldo d'Asburgo Lorena, Granduca di Toscana, impose anche alle monache pistoiesi di scegliere se osservare rigorosamente la vita conventuale, rinunciando ad ogni proprietà, oppure dare vita ai "Conservatori" destinati all'educazione delle fanciulle. Le suore di San Giovanni Battista scelsero questa seconda soluzione dedicandosi alla cura e all'istruzione delle giovinette, compito che svolsero fino al 1883, quando il Conservatorio, ormai riconosciuto di natura laicale, fu dichiarato "Istituto pubblico educativo" dipendente dallo Stato Italiano.